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软件的文章

标准

软件文章应描述一个可能具有广泛实用程序的工具,该工具代表了以前发布的软件的显着进展(通常通过与可用的相关软件直接比较而展示)。

软件对评审员和其他研究人员的可用性
手稿中描述的软件应用程序/工具必须以匿名的方式供审稿人测试。如果发布了软件应用程序/工具,任何希望将其用于非商业目的的研究人员都必须免费获得,不需要签署物质转让协议等限制。因为网络链接经常中断,BMC口腔健康强烈建议所有软件应用程序/工具作为附加文件包含在提交的手稿中,以确保软件将继续可用。
BMC口腔健康建议,但不要求,软件的源代码应该在适当的开源许可下提供,这将使其他研究人员有权进一步开发和扩展软件,如果他们希望这样做。通常情况下,软件当前版本的源代码档案应包括在提交的手稿中作为补充文件。由于该软件很可能会在出版后继续开发,手稿还应该包括一个链接到该软件项目的主页。对于开源项目,我们建议作者使用一个公认的开源存储库来托管他们的项目,例如bioinformatics.org.sourceforge.net.

BMC口腔健康强烈支持公开研究,包括报告的透明度和公开性。我们的数据可用性政策的更多细节可以在杂志的About页面上找到。

网站的描述应该作为软件文章还是数据库文章提交?
如果意图是,如果意图是驱动网站的软件,则应将网站和基于Web的工具作为软件文章提交给其他研究人员以扩展和使用其他网站的软件。另一方面,如果网站的功能与特定数据库密切相关,那么该文章应该作为数据库文章提交。

准备你的稿件

下面的信息详细说明了你的手稿中应该包括的部分标题以及每个部分应该包含的信息。

请注意,你的手稿必须包括一个“声明”部分,包括所有的副标题(请参阅下面的更多信息)。

标题页

标题页应:

  • 提出一个标题,包括(如果合适的话)研究设计,例如:
    • “A vs . B治疗C:一项随机对照试验”,“X是Y的一个危险因素:一项病例对照研究”,“X因素对Y的影响:一项系统评价”
    • 或者对于非临床或非研究的研究:对文章所报道内容的描述
  • 列出所有作者的全名和机构地址
    • 如果应将协作组列为作者,请将组名列为作者。如果您想要通过其单独的PubMed记录可搜索组的各个成员的名称,请根据下面的说明在“致谢”部分中包含此信息
  • 注明通讯作者

摘要

摘要不超过350字。请尽量减少使用缩写词,在摘要中不要引用参考文献。摘要必须包括以下单独的部分:

  • 背景:研究的背景和目的
  • 结果:主要发现
  • 结论:一个简短的总结和潜在的影响

关键字

三到十个关键词代表文章的主要内容。

背景

背景部分应该解释相关的上下文和软件所描述的要解决的具体问题。

实现

这应该包括软件实现的整体架构的描述,以及任何关键问题的详细信息以及它们如何解决。

结果

这应包括研究结果,酌情包括必须列入文本或以表格和数字形式的统计分析结果。本节可以与软件文章的讨论部分结合使用。

讨论(如果合适)

应该描述用户界面,讨论软件的预期用途和预期的好处,还应该包括数据,说明它的性能和功能如何与功能相似的现有软件进行比较和改进。还可以提供一个使用该软件的案例研究。如果有新特性的话,应该提到计划的未来开发。

结论

这应该清楚地说明主要结论,并解释所报告的案件、数据、意见、数据库或软件的重要性和相关性。

可用性和需求

列表如下:

项目名称:我的生物信息学项目
项目主页:例如,http://sourceforge.net/projects/mged
操作系统:如平台无关的
编程语言:例如java.
其他需求:例如:Java 1.3.1或更高版本,Tomcat 4.0或更高版本
许可:例如GNU GPL、FreeBSD等。
非学者使用的任何限制:例如许可证需要

的缩写列表

如果在文本中使用了缩略语,应在第一次使用时在文本中对其进行定义,并提供缩略语列表。

宣言

所有手稿必须在“声明”标题下包含以下部分:

  • 伦理批准和同意参与
  • 同意出版
  • 数据和材料的可用性
  • 利益争夺
  • 资金
  • 作者的贡献
  • 确认
  • 作者的信息(可选)

请参阅下面的详细信息将包括在这些部分。

如果任何部分与您的手稿无关,请包括标题和写“不适用”的部分。

伦理批准和同意参与

稿件报告涉及人体参与者,人类数据或人类组织的研究必须:

  • 包括一份关于伦理批准和同意的声明(即使在无需批准的情况下)
  • 包括批准该研究的伦理委员会的名称以及该委员会的参考编号(如果合适)

涉及动物的研究必须包括一份关于伦理批准的声明,对于涉及客户拥有的动物的实验研究,作者还必须包括一份关于客户或所有者知情同意的声明。

看到我们的编辑政策为更多的信息。

如果您的手稿没有报告或涉及任何动物或人类数据或组织的使用,请在本节中注明“不适用”。

同意出版

如果您的稿件包含任何形式的任何个人数据(包括任何个人细节,图像或视频),则必须从该人或儿童,父母或法定监护人那里获得出版的同意。案例报告的所有介绍必须同意出版。

你可以使用你的机构同意书或我们的同意书如果你喜欢。您不应在提交表格时将其发送给我们,但我们可以在任何阶段(包括发表后)要求查看副本。

看到我们的编辑政策查阅更多有关同意出版的资料。

如果你的手稿没有包含任何个人的数据,请在这部分注明“不适用”。

数据和材料的可用性

所有手稿必须包括“数据和材料的可用性”声明。数据可用性声明应包括关于支持文章中报告的结果的数据可以在何处找到的信息,如适用,包括研究期间分析或生成的公开归档数据集的超链接。我们所说的数据指的是解释、复制和构建文章中报告的发现所必需的最小数据集。我们认识到,不可能总是公开分享研究数据,例如,当个人隐私可能受到损害时,在这种情况下,数据可用性仍应在手稿中说明,以及任何访问条件。

数据可用性语句可以采用以下形式之一(或多个数据集的如果需要多个组合):

  • 在当前研究期间生成和/或分析的数据集可在[name]存储库中获得[持久性Web链接到数据集]
  • 在当前的研究中使用和/或分析的数据集可从通信作者在合理的要求。
  • 本研究期间生成或分析的所有数据都包含在本发表的文章[及其补充信息文件]中。
  • 在当前研究期间生成和/或分析的数据集未公布到期[数据不是公开的原因]但可从合理的请求上的相应作者获得。
  • 数据共享不适用于本文,因为在本次研究中没有生成或分析数据集。
  • 支持本研究发现的数据可从[第三方名称]获得,但这些数据的可用性受到限制,这些数据是在许可下用于当前研究的,因此不能公开获得。但是,如果作者提出合理要求并获得[第三方名称]的许可,则可以提供数据。
  • 不适用。如果您的手稿没有包含任何数据,请在此部分注明“不适用”。

可以使用更多的模板数据可用性语句示例,其中包括公开可用和限制访问的数据集示例在这里

生物医学中心还要求作者引用手稿中论文结论所依赖的任何公开可用的数据。数据引用应该包括一个持久标识符(如DOI),理想情况下应该包括在参考列表中。当数据集出现在参考列表中时,它们的引用应该包括DataCite推荐的最小信息,并遵循期刊风格。包含DOIs的数据集标识符应该表示为完整的url。例如:


全球综合干旱监测和预测系统(GIDMaPS)数据集。figshare。2014.http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.853801

使用数据和材料的可用性中的相应文本:

在当前研究期间生成和/或分析的数据集可在[NAME]存储库中获得,[PERSISTENT WEB LINK TO datasets]。(参考号)

如果您希望共同提交一份数据说明,描述您的数据将发表在BMC研究笔记,你可以访问我们的提交门户.数据指出支持开放数据并帮助作者遵守数据共享的资助政策。共同发布的数据说明将与研究文章相关联数据支持(例子).

利益争夺

所有财务和非财务竞争利益必须在这一节声明。

看到我们的编辑政策对利益冲突的充分解释。如果您不确定您或您的任何合著者是否有竞争的兴趣,请联系编辑部。

请使用作者首字母表在本节中提及每个作者的竞争利益。

如果您没有任何相互竞争的利益,请在本节中注明“作者声明他们没有相互竞争的利益”。

资金

应宣布报告的所有研究资金来源。资金机构在研究和撰写数据的设计中的作用以及写作稿件的设计和诠释。

作者的贡献

作者对手稿的个人贡献应在这一节中说明。作者身份的指导和标准可以在我们的编辑政策

请使用首字母表示每位作者在本部分的贡献,例如:“FC分析并解释了有关血液病和移植的患者数据。RH进行了肾脏的组织学检查,并且是撰写手稿的主要贡献者。所有作者都阅读并批准了最终手稿。”

确认

请感谢任何不符合作者身份标准的投稿者,包括任何提供专业写作服务或材料的人。

作者应该从致谢部分提到的所有人那里获得认可。

看到我们的编辑政策查阅致谢和作者身份标准的完整解释。

如果您没有任何人承认,请在本节中写下“不适用”。

小组署名(涉及合作小组的稿件):如果您希望协作组的各个成员的名字可以通过他们的个人PubMed记录进行搜索,请确保在标题页和提交系统中包含协作小组的标题,并在“致谢”部分的最后一段包含合作作者的名字。请在名字,中间字母(可选),姓氏的格式中添加作者。如果您愿意,可以为每个作者添加机构或国家信息,但这应该在所有作者之间保持一致。

请注意,当一篇已发表的文章最初被收录到PubMed中时,个人的名字可能不会出现在PubMed的记录中,因为PubMed需要额外的时间来编码这些信息。

作者的信息

本章节为可选章节。

您可以选择使用本节包括有关可能帮助读者对文章解释的作者的任何相关信息,并理解作者的立场。这可能包括关于作者资格的详细信息,他们在机构或社会中持有当前职位,或任何其他相关背景信息。请使用他们的首字母参考作者。注意本部分不应用于描述任何竞争利益。

脚注

脚注可用于提供其他信息,其可以包括引用引用列表中包括的引用。它们不应该仅仅包括参考引文,他们不应该包括参考的书目细节。他们也应该不包含任何数字或表格。

正文脚注按顺序编号;对于表格,应以上标小写字母表示(或用星号表示显著性值和其他统计数据)。标题脚注或文章作者没有参考符号。

用脚注代替尾注。


参考

温哥华参考样式的示例如下所示。

看到我们的编辑政策对于良好引用实践的作者指导

Web链接和URL:所有的网络链接和url,包括作者自己网站的链接,都应该给出一个参考编号,并包括在参考列表中,而不是在手稿的文本中。它们应该以以下格式提供,包括网站的标题和URL,以及访问该网站的日期。http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do.2013年5月20日通过。如果一个作者或一组作者可以清楚地与一个网络链接相关联,比如weblog,那么他们应该被包括在参考文献中。

例子参考风格:

期刊内的文章

史密斯JJ。科学世界。我是j sci。1999年; 36:234-5。

文章在日记中(无页码)

Rohrmann S, Overvad K, Bueno-de-Mesquita HB, Jakobsen MU, Egeberg R, Tjønneland A, et al.;肉类消费和死亡率——来自欧洲癌症和营养前瞻性调查的结果。BMC医学。2013;11:63。

DOI杂志上的文章

Slifka Mk,Whitton JL。临床影响失调细胞因子生产。挖j mol med。2000;DOI:10.1007 / S801090000086。

杂志补充的文章

功能性无脾:骨髓扫描显示脾脏活动。血1979;59增补1:26-32。

书中的章节或一本书中的一篇文章

细胞死亡:凋亡的意义。在:Bourne GH, Danielli JF, Jeon KW,编辑。国际细胞学评论。伦敦:学术;1980.p . 251 - 306。

在线系列的第一章(没有卷号,但有DOI)

对映体过量扩增和手性对称破坏的速率方程方法。Top Curr Chem, 2007。_2006_108 doi: 10.1007/128。

完整的书,撰写

药房的症状:常见疾病的管理指南。牛津:布莱克威尔科学;1998.

在线文档

DOE J.下属文件的标题。在:物质词典及其效果。皇家化学学会。1999. http://www.rsc.org/dose/title下属文件。1999年1月15日访问。

在线数据库

健康观点知识库。美国药典,罗克维尔,1998。http://www.healthwise.org。1998年9月21日通过

补充材料/私人主页

补充材料的标题。2000.http://www.privatehomepage.com。2000年2月22日

大学现场

DOE,J:预印的标题。http://www.uni-heidelberg.de/mydata.html(1999)。获得1999年12月25日。

FTP站点

DOE,J:微不足道的HTTP,RFC2169。ftp://ftp.isi.edu/in-notes/rfc2169.txt(1999)。1999年11月12日访问。

组织网站

Issn International Centre:ISSN寄存器。http://www.issn.org(2006)。2007年2月20日访问。

具有持久标识符的数据集

郑丽艳,郭晓松,何斌,孙立军,彭勇,董树生,等。来自甜高粱和谷物高粱(高粱二色)的基因组数据。GigaScience数据库》2011。http://dx.doi.org/10.5524/100012

图、表和其他文件

一般格式指南有关如何格式化数字、表格和其他文件的信息。

提交手稿

年度期刊指标

  • 速度
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    49天内对所有稿件进行初审
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    透明度和开放
    前因素得分- 9